Jan urodził się 13 marca 1599 roku w Diest, miejscowości położonej na terenie dzisiejszej Belgii. Był najstarszym z pięciu synów w niezamożnej rodzinie. Ojciec był garbarzem, handlarzem skór i szewcem. Matka Jana, Elżbieta, była córką burmistrza Hadriana van den Hove. Mimo złej sytuacji materialnej, przez pewien czas rodzice opłacali jego naukę, ale gdy matka zachorowała, Jan musiał przerwać studia. Wtedy miejscowy proboszcz Piotr van Emmerick wsparł go finansowo; Jan mógł kontynuować rozpoczętą naukę. Bardzo wcześnie poczuł powołanie, jednak śmierć matki w 1616 r. i rosnąca bieda utrudniały mu pójście tą drogą. Dzięki bardzo ciężkiej pracy (poza nauką m.in. zarabiał posługując u pewnego kanonika) i pomocy różnych kapłanów zdobył wykształcenie w nowo utworzonym Kolegium Jezuitów w Mechelen. Należał do pierwszych alumnów. Był członkiem Sodalicji Mariańskiej (katolickiego stowarzyszenia religijno-społecznego zrzeszającego czcicieli Maryi).
Nauczyciel Jana mówił: "Najczęściej można było go widzieć w kościele, a najrzadziej na ulicy. Był tak czysty i solidny, że młodzieńcze wady nie miały do niego przystępu". Z powodu jego postawy i szczerej pobożności ludzie nazywali go aniołem. Przez całe życie szczególnym nabożeństwem darzył Najświętszy Sakrament.
W 1618 r. jego owdowiały ojciec przyjął święcenia kapłańskie i został kanonikiem diecezjalnym, a Jan wstąpił do nowicjatu jezuitów. Jego zdolności spowodowały, że w tym samym roku wysłano go na studia filozoficzne i teologiczne do Rzymu. Tam również wyróżniał się wśród kleryków swoją postawą i pilnością. Dysputę publiczną, do której został wyznaczony, poprowadził z zadziwiającą subtelnością argumentacji. Było to jednak ostatnie jego wystąpienie. Wzorowo zachowywał regułę zakonną, starając się naśladować św. Alojzego, którego podziwiał.
Na początku sierpnia 1621 r. Jan ciężko zachorował. Jego organizm nie wytrzymał letnich rzymskich upałów. Dodatkowo był on bardzo wyczerpany intensywną nauką i aktywnym życiem wewnętrznym, dlatego nie zdołał się obronić przed chorobą. Najpierw dostał gorączki, a potem zapalenia płuc. Na śmiertelnym łożu miał koło siebie lub trzymał w rękach różaniec, krzyż i reguły zakonne. Mówił: "Z tym chętnie umrę". Mimo starań lekarzy zmarł po sześciu dniach, 13 sierpnia 1621 r. Miał zaledwie 22 lata. Nie dożył upragnionych święceń kapłańskich.
Znany komentator ksiąg Pisma Świętego, o. Korneliusz Lapide, tak opisał Jana Berchmansa: "U Jana uderza mnie jego dziewiczy urok, jego towarzyskość i miłe usposobienie, które sprawiły, że drogim był dla wszystkich; oblicze jego było klarowne i proste, podobnie jak jego mowa. Do każdego odnosił się ze czcią, gotów zawsze do usług. Na jego obliczu gościł zawsze przyjazny uśmiech, którego nawet śmierć nie zdoła zgasić".
Jan Berchmans został beatyfikowany przez papieża Piusa IX w 1865 r., a kanonizowany przez Leona XIII w 1887 r. Jego ciało spoczywa w osobnym, bogatym ołtarzu w kościele św. Ignacego Loyoli w Rzymie, natomiast jego serce znajduje się w kościele jezuitów w Lovanium.

Oto zasady, którymi kierował się w życiu św. Jan Berchmans:
1. Serce moje jedynie bezpiecznym być może, gdy wytrwa w szczerej, dziecięcej miłości ku Matce Bożej.
2. Mało mówić, dużo czynić.
3. Wielce sobie ważyć drobne sprawy.
4. Jeśli nie dojdę do świętości za młodu, nigdy nie będę świętym.
5. Myśl, żebyś Panu Bogu się podobał, a Pan Bóg o tobie myśleć będzie.
6. Sumiennie dopilnuję punktualnego rannego wstawania.
7. Kto nie docenia modlitwy, nie wytrwa w pobożności.
8. Wszystko, co czynisz, czyń z wielką starannością.
9. Cierpliwość koroną wszelkich cnót.
10. Nie czyń nigdy tego, co ci się w drugich nie podoba, ale to, co się w nich podoba.

Jest patronem wspólnot ministranckich i młodzieży studiującej.

W ikonografii św. Jan Berchmans przedstawiany jest w sutannie jezuickiej.

Wspomnienie litrugiczne: 26 listopda